連携済みのセーブデータを別のニンテンドーアカウントと連携しなおすことはできますか？

できません。
なお、セーブデータとニンテンドーアカウントの連携を解除すると、データ（保有するルビーやコイン、取得したキャラ、マシンなど）は削除され復元することができません。